Сюжет игры почти полностью повторяет историю одноименного фильма, где не нашлось места ни главному антигерою серии Шредеру, ни его умственно отсталым сподвижникам. Над этими генераторами злобных идей черепахи давным-давно одержали победу, зарезервировав для них только льготное место в своих воспоминаниях. А что же касается новых противников, то за ними далеко ходить не придется – действие происходит в Нью-Йорке нашего времени. Что не мешает прорастать сюжетным корням из древних времен…