Splinter Cell: Conviction начинается с того, что Сэм Фишер уходит из Третьего Эшелона, несмотря на угрозы со стороны своего начальства. И во время расследования смерти своей дочери, Сары Фишер (которая погибла в результате аварии по вине пьяного водителя во времена Двойного Агента), Сэм узнает, что смерть его дочери была не случайной и теперь он вместе с Викто Костером, бывшим «морским котиком» и давним своим другом, будут вести охоту на Андрея Кобина, торговца оружием, который по предположениям Сэма, убил его дочь.