Сюжет игры тесно переплетается с событиями легендарной Matrix и долгожданного взрывного сиквела Matrix: Reloaded, открывая для игроков белые пятна, которые остались за гранью киноленты. Вас ожидают ураганные перестрелки с агентами, головокружительными поединки специалистов в восточных единоборствах и управление самым быстрым кораблем человечества, Матрица поглотит вас.