Герой, прославленный ещ 20 лет назад в игре Bionic Commando 1988 года, возвращается! Одержав победу над врагами своего государства, он оказался не нужен собственному правительству. Более того, власти увидели в Натане угрозу и решили избавиться от него — воина обвинили в преступлениях, которых он не совершал и приговорили к смерти. В день казни Натана какая-то террористическая организация атаковала город Ascension City. Используя экспериментальное оружие массового поражения, экстремисты вызвали сильнейшее землетрясение, превратившее мегаполис в руины. Преступники установили контроль над городскими орудиями ПВО, лишив тем самым власти возможности прислать войска по воздуху. В результате правительству не осталось ничего, кроме как быстро амнистировать проверенного в боях коммандоса и заслать его в вражий тыл..