Сюжет "Red Faction: Armageddon" разворачивается на Марсе через полсотни лет после окончания событий "Red Faction: Guerrilla", третьей игры серии. Терраформер, который регулировал климат на планете, поддерживая атмосферу, был уничтожен, что привело к дестабилизации климата до такой степени, что сделало невозможным пребывания людей на поверхности планеты. Колонисты создали разветвленную сеть подземных сооружений, куда и переселились с поверхности планеты.