События разворачиваются между первой и второй частью игры. Шепард пропал, и все его друзья и враги ищут его тело, ну или его самого, ибо многие не знают, что он погиб. Зачем, сложно сказать. У каждого какие-то свои извращенные причины. Доктор Лиара Т’Сони переживает за своего друга, и отправляется также на его поиски.