Сюжет Half-Life 2 - Episode Two начинается там, где заканчивается Episode One. После подрыва Цитадели поезд, на котором уезжали Гордон Фримен и Аликс Вэнс, попадает под взрывную волну и разбивается. Им приходится добираться до главной базы Сопротивления — комплекса «Белая Роща» — своими силами. Главная цель — доставить в Белую Рощу информацию, полученную в Цитадели, где содержатся тайные планы руководства Альянса, а также код частоты сверхпортала, образовавшегося над разрушенным Сити 17. Этот портал должен вновь прочно связать Землю и вселенную Альянса, что грозит человечеству приходом подкрепления инопланетных захватчиков и повторением Семичасовой войны