Через 2 года после того, как командор Шепард отразил вторжение Пожинателей, у рода людского появился новейший противник. На окраинах обитаемого космоса кое-кто понемногу истребляет колонии жителей нашей планеты. Чтоб затормозить надвигающуюся опасность, Шепарду светит сотрудничать с сетью Цербер - жестокой организацией, провозглашающей выживание человечества хоть какой ценой.