Недалекое будущее. Глава могущественного синдиката по исследованиям в области военного снаряжения МакКаллен презентует общественности последнюю разработку своего детища: наночастицы, разъедающие любой материал на атомно-молекулярном уровне. Спецотряд, перевозящий ценный груз, подвергается нападению таинственный организации. Выживших в перестрелке Дьюка и Рипкорда подбирают солдаты секретного подразделения G.I. JOE, возглавляемого генералом Хоком. Изучив ситуацию на месте, Дьюк и Рипкорд присягают G.I.JOE, и начинают охоту на брюнетку в обтягивающих нарядах, заправляющую злоумышленниками…