События Darkest of Days начинаются с того, что игрок перемещается во времени в прошлое и становится свидетелем событий, которые послужили причиной его же собственной ужасной смерти. В роли агента секретной организации главному герою придется довольно много путешествовать во времени, вы станете свидетелем самых знаменитых сражений в мировой истории, а в итоге вам придется спасти все человечество, приняв участие в грандиозной битве между Добром и Злом.