Чтобы статья попала в индекс яндекса (конечно если она уникальная) достаточно просто купить на неё 3-5 ретвитов в твиттере. Ну и , разумеется, добавить в аддурилку яндекса. Если разные программы показывают разные результаты, то лучше поверить первоисточнику, т. е. Яндексу. Спорные моменты лучше проверить здесь: http://webmaster.yandex.ru/addurl.xml