Близкое будущее – век XXII. На планете-колонии под названием Иден Прайм обнаружен неожиданный древний предмет-артефакт живущей в древние времена народности Протеан. Основному герою – капитану Шепарду, нужно найти и доставить эту секретную находку. Во время приказа на колонию агрессируют вражеские недолюди сделанной штучно цивилизации – геты. Шепард отбивает от них планету-колонию и находит чудо-артефакт. Ему бросается в глаза безудержимо странное разрушительное действие этого предмета и Шепарду прийдется узнать эту секретную находку. По пути к правде Шепард схлестнется с изменником Сареном, который сделал дружбу с гетами и мыслит используя мощь древнего оружия востановить когда-то уничтоженную расу Пожинателей и стереть Галактику. Остановить или задержать это зло суждено лишь Шепарду жизнь которого и придется сыграть тебе.