Сэм Фишер — профессиональный секретный агент, специализирующийся на скрытном проникновении, который некоторое время назад ушёл на заслуженный отдых. Но Агентство Национальной Безопасности предлагает ему стать оперативником новосформированного подразделения «Третий эшелон». Третий эшелон использует «Разделённые ячейки» (Splinter Cells), агентов-одиночек, способных проводить скрытные операции на враждебной территории. Недолго думая, Сэм Фишер соглашаеся и становится первым оперативником этого подразделения. Он должен предотвратить разгорающуюся войну между США и Китаем и отыскать скрывающегося президента Грузии Комбаяна Николадзе, чтобы помешать ему использовать его секретное оружие под названием «Ковчег».